Omfattningen av deras skador är oklara, uppger polisen.
- En person har först till sjukhus i ambulans, en person kunde ta sig till sjukhuset i egen bil, säger en sjuksköterska på sjukvårdens larmcentral i Uppsala till Aftonbladet.
Skjutningen inträffade strax före klockan 21. Enligt uppgifter till Aftonbladet ska händelsen ha utspelat sig utomhus.
En stor polisinsats med bland annat helikopter sattes in. Många vittnen har hörts.
- VI har inga uppgifter om gärningsmän, men det pågår en teknisk undersökning och avspärrningarna är kvar i sin helhet, så det jobbas aktivt, säger Johan Lindén, RLC-befäl vid polisregion Mitt, till TT under natten.
De två män som sköts är inte identifierade och ingen misstänkt har gripits.
Även i fredags inträffade en skottlossning i Uppsala, i området Slavsta. Polisen gjorde vissa fynd i samband med undersökningen av platsen, bland annat har ett fordon tagits i beslag. Men ingen skadad hittades i samband med den skjutningen och polisen har ännu ingen misstänkt.
Polisen ska nu undersöka om det kan finnas något samband mellan händelserna.
