Olyckan inträffade på tisdagseftermiddagen i närheten av Vagnhärad i Trosa kommun. Efter kollisionen spårade tåget delvis ur.
Hur olyckan gick är oklart, men polisen har inlett en förundersökning om arbetsmiljöbrott och vårdslöshet i trafik. Militärfordonet är taget i beslag för en undersökning. Statens haverikommission har underrättats.
Tre av de skadade är anställda vid Södra skånska regementet P7.
- De är avtransporterade till sjukhus, säger Jesper Tengroth, pressekreterare vid Försvarsmakten.
En man flögs med helikopter till Karolinska universitetssjukhuset i Solna. Sjukhuset meddelade senare på kvällen att han är allvarligt skadad.
Två andra fördes till Nyköpings lasarett. De två, en kvinna och en man i 25-årsåldern, är lindrigt skadade, enligt sjukhuset.
Även lokföraren skadades. Det ska röra sig om lindriga skador, enligt Ann-Katrin Backlund vid SJ:s pressavdelning.
Jesper Tengroth uppger att fordonet som var inblandat i kraschen är av typen pansarterrängbil 360.
Totalt befann sig 70 personer ombord på tåget. Efter olyckan leds fjärrtågen om via Katrineholm medan buss ersätter på en del sträckor.
- Loket har spårat ur med en hjulaxel. Röjningspersonal ska vara på plats, säger Josefine Gröndahl vid Trafikverket.
När trafiken på sträckan kan öppnas igen är oklart men ingen trafik kommer att rulla där under onsdagen, enligt Trafikverket.
TT